Il culto di San Paolo a Palazzolo Acreide è antichissimo, la tradizione vuole una visita di Paolo alla comunità di Acre durante la sua breve permanenza a Siracusa.La prima chiesa dedicata a San Paolo, venne edificata tra il XIII e il XIV secolo. Sorgeva, all'interno dello spazio delimitato dall'attuale Piazza Umberto e dalla Via V. Messina a margine dell'area urbana che fu il centro socio-economico di Palazzolo fino al XVIII secolo. La chiesa apparteneva alla Confraternita dei disciplinati o di S. Paolo, che era un associazione di laici (numerosi erano anche i sacerdoti e chierici che vi facevano parte) avente fine di pietà, di culto e di assistenza. La Confraternita di San Paolo era una organizzazione molto potente e fortemente coesa portata a perseguire con devozione, ma talvolta anche con fanatismo, gli scopi dei propri "capituli e costitutioni".I confrati si impegnavano a provvedere a tutte le necessità della chiesa e in modo particolare a "fare solennizzare la festa del glorioso S. Paolo". Non conosciamo l'anno di costituzione della Confraternita; sappiamo però che per vetustà era seconda solo quella dell'Annunziata. Il colore che la contraddistingueva era il "torchino", un colore tra l'azzurro ed il verde . Nel 1627, quando la prima chiesa di San Paolo venne donata ai Padri Domenicani per volere di una ricca ed influente famiglia di nobili palazzolesi, i confrati si opposero tenacemente.Essendo risultati vani tutte le petizioni, denunce e ricorsi, la confraternita di S. Paolo, si trasferì nella vicina chiesa della SS. Trinità dove trasportò anche la statua di S. Paolo.Ben presto, però, la chiesa divenne piccola per la confraternita ed i devoti: si penso bene quindi di allargarla. Dal terremoto del 1693 rinacque la Palazzolo settecentesca.
Benché ampliata, la chiesa non risultò "commoda" forse per la impossibilità di potervi realizzare davanti ed intorno una piazza necessaria per ospitare le grandi fiere che si tenevano in onore del santo e per raccogliere la gran massa di fedeli che provenivano da tutti i centri vicini. Sicché, mentre si ampliava la chiesuola della SS. Trinità, i procuratori avevano già il pensiero a progetti più grandiosi: la costruzione di una nuova, grande, chiesa di S. Paolo.Così i confrati, il 20 maggio 1644, si procurarono da don Silvio Alagona, canonico arcidiacono della cattedrale di Siracusa, la concessione della chiesa di S. Sofia.I procuratori, non si limitarono ad ampliare la chiesa di S. Sofia, ma progettarono ed edificarono una nuova grande chiesa che assorbiva anche l'area in cui sorgeva la chiesa di S. Sofia, nello stesso luogo dove si trova l'attuale Basilica di S. Paolo. Nel 1657 la statua di S. Paolo fu trasportata nella nuova chiesa, che da allora verrà chiamata Chiesa di S. Paolo.Nel 1663 la Chiesa fu promossa a sacramentale ad quinquennium, vale a dire si poteva amministrare l'eucarestia ( prerogativa, assieme alla confessione, ed a tante altre funzioni religiose solo della Chiesa Madre ) per cinque anni. La chiesa di S. Paolo fu ufficialmente dichiarata sacramentale in perpetuum, dal Vescovo Capobianco, l'11 marzo 1669.Nel 1643 re Filippo IV, con apposite lettere reali aveva ordinato che in tutto il regno venisse nominata patrona "un Imagine della Gloriosa Vergine, ora, poiché il re non si poteva né contestare né contraddire, a Palazzolo nel 1644 venne eletta patrona la Madonna Odigitria .Ma l'elezione venne effettuata dai soli giurati e non dal clero e dal consiglio pubblico come invece era previsto dalla Congregazione dei Riti.Per questa motivazione giuridica, confortati dalla grande popolarità di cui godeva S. Paolo, che già nel 1643 veniva detto protettore e talvolta anche patrono, i procuratori e confrati, tramite un loro procuratore palermitano, in data 23 luglio 1688 chiesero al viceré, duca di Uzeda, ed al tribunale del Real Patrimonio, di poter eleggere a Patrono S. Paolo.Il 30 agosto di quell'anno il viceré ed il Tribunale del Real Patrimonio autorizzarono la convocazione del consiglio popolare per l'elezione di S. Paolo a Patrono.Questa autorizzazione fu presentata ai giurati di Palazzolo il 20 settembre e per il 21 venne convocato ad sonum campanae, nel piano davanti alle porte della chiesa Madre, il consiglio popolare per procedere all'elezione di S. Paolo a Patrono. Complessivamente i favorevoli all'elezione di S. Paolo furono 1066 di cui 1001 laici, 35 sacerdoti, 13 frati, 17 chierici.La confraternita di S. Sebastiano, contro questa elezione che privava la Madonna Odigitria venerata nella loro chiesa, delle prerogative connesse al patronato, ricorse a tutte le corti e tribunali possibili, scatenando una lunga e dispendiosa guerra legale.Ma già il 16 ottobre 1688, malgrado i ricorsi della confraternita di S. Sebastiano, il Viceré ed il Tribunale del Real Patrimonio riconoscevano l'elezione di S. Paolo e la riconfermarono e l'approvarono il 9 novembre 1688.
Nel febbraio 1689 i Giurati chiesero il consenso al Vescovo per ricorrere alla Sacra Congregazione dei Riti. Il 15 luglio 1690 la Sacra Congregazione dei Riti confermò l'elezione di S. Paolo a Patrono di Palazzolo attribuendogli le prerogative usuali dei patroni secondo i decreti di Urbano VIII